外泌體western鑒定主要檢測指標為CD63、CD9、CD81、Tsg101、Alix、HSP70等，針對外泌體的定性檢測，至少選擇2-3個指標就能滿足文章發表就可以。大部分文獻中沒有檢測內參，個別文章中使用了Actin、GAPDH和Tubulin作為內參進行檢測，外泌體中的Actin、GAPDH和Tubulin的表達豐度相對于正常細胞樣品中的較低，可能會檢測不到任何條帶或者條帶微弱。
外泌體western鑒定操作步驟大致是：
用PBS重懸提取的外泌體，滴于孔徑2 nm的載樣銅網上，室溫靜置2 min，用濾紙從濾網側邊吸干液體，用3%磷鎢酸溶液在室溫下負染5 min，濾紙吸干負染液，室溫晾干，電鏡觀察拍照。外泌體在電鏡下具有非常明顯的膜邊界、呈30~100 nm大小不一的茶托或杯狀結構(也會有200 nm以下、較難鑒別的其他形狀的外泌體)，但電鏡對樣品的預處理和制備要求較高，樣品分離方法和樣品性質可能影響電鏡結果的好壞；樣品的準備階段比較復雜，不適合對外泌體進行大量快速的測量；且因外泌體經過了預處理和制備過程，無法準確測量。
掃描電鏡(scanning electron microscopy, SEM)或透射電鏡(transmission electron microscopy, TEM)等電子顯微鏡可用于外泌體鑒定。SEM的工作原理是用能量為1~30 KV間的電子束，以光柵狀掃描方式照射到被分析試樣的表面上，利用入射電子和試樣表面物質相互作用所產生的二次電子和背散射電子成像，獲得試樣表面微觀組織結構和形貌的高分辨率信息。由于超高真空技術的發展，場發射電子槍的應用得到普及，現代先進的SEM的分辨率已經達到1 nm左右，足夠用來進行外泌體尺寸的測量。TEM是把經加速和聚集的電子束投射到非常薄的樣品上，電子與樣品中的原子碰撞而改變方向，從而產生立體角散射。散射角的大小與樣品的密度、厚度相關，因此可以形成明暗不同的影像，影像放大、聚焦后在成像器件(如熒光屏、膠片、感光耦合組件)上顯示出來。
以上兩種方法是常用的外泌體的鑒定方法，是展開外泌體功能研究的前提。比如在腫瘤研究中，通過提取鑒定不同細胞系中的外泌體，進而通過PCR以及測序篩選分析RNA，探究外泌體在腫瘤進展或者耐藥中的發生機制。
